某市稽查局根据举报线索，对A公司进行了检查，检查过程中，通过调取银行流水、问询笔录、查核材料、现场盘点勘察等手段，发现A公司的老板宋某个人银行卡收取货款，在2009年到2011年期间，收取了738.12万元的废料收入，这些收入均没有进入公司账户，也没有申报缴税，对应少缴纳的增值税107.25万元、企业所得税118.25万元。

A公司提出听证申请，在听证会上，A公司提出对废料销售的金额有异议，并且要求在计算所得税时要扣除其没有入账的运费。但是在规定的期限里，A公司并未提供以上诉求对应的佐证资料。

之后，稽查局对A公司下达了税务处理处罚决定，追缴A公司少缴纳的增值税107.25万元、企业所得税118.24万元，并且处少缴纳税款0.7倍罚款，合计157.84万元，并按日加收滞纳金。另对A公司2009年没有如实申报企业所得税应纳税所得额的行为，处以4.5万元的罚款。

对于稽查局的处罚，A公司不服，并申请了行政复议，复议结果为维持原决定。于是A公司于2012年12月6日提起了行政诉讼。

A公司认为：

1.稽查局的税款征收方式没有法律依据。A公司销售废料不入账是为了抵消生产经营中产生的大量没有运输发票的运输成本，稽查局应根据A公司单独登记的废料销售备查账来查账征收，或者是核定征收。而实际上稽查局是根据老板个人账户上资金往来及购销双方的言词证据材料确认收入征收税款，这是没有依据的。

2.稽查局认定的2009年-2011年销售废料所得款项认定不清，因为其中有一部分是A公司与废料收购方的相互借款，应该按废料销售备查账中的收入来认定废料销售收入金额。

3.稽查局违背了“一事不再罚”原则，稽查局对A公司分别作出了罚款157.84万元和4.5万元的决定，第一笔罚款157.84万元是对2009年-2X11年未计销售收入未申报纳税进行的处罚，第二笔4.5万元罚款仍然是对2X09年未申报纳税行为进行的处罚，按照“一事不再罚”原则，应该撤销一个处罚。

一审法院审理后认为：

1.A公司实施的是“不列、少列收入“的偷税手段，并不属于税法规定的可以通过核定征收的情形，且税务机关有权核定其应纳税款。

2.A公司在行政诉讼中未能提供证明其公司老板与废品收购方存在借贷关系的证据，故对该意见不予采纳。

3.对于A公司所说的一事不再罚原则，第一笔罚款并没有将A公司2X09年少缴纳的企业所得税作为该项处罚的依据，而第二项是针对该公司2X09年编造虚假计税依据的行为进行处罚，并没有违反一事不再罚原则。

4.A公司提出其销售收入中有一部分是用于开支购进原材料和销售产品所产生的运输费用，未取得发票未入账，应当作为成本予以扣除，但是A公司并未能够在规定的时间内向稽查局提供运输成本开支的合法有效凭证，稽查局以其销售收入作为应纳税所得额并没有违反规定。

二审法院审理后认为：

1.尽管A公司2009年由20万元的废品销售款没有计入公司经营收入，但是稽查局并没有提供A公司编造虚假计税依据的证据材料，证据不足，故撤销了稽查局对A公司2X09年未如实申报企业所得税处罚4.5万元的决定。