A公司于2011年11月与B公司签订了《代理记账协议书》，在该协议书中约定由B公司代理负责A公司会计核算及账务处理、税务申报等业务。

2012年9月，A公司与B公司由于纠纷提前终止了代理协议。在此期间，B公司没有按照协议书约定为A公司如实申报缴纳2011年到2012年营业税及相关附加税费。

2014年税务机关接到举报发现，A公司自2011年起，存在假借资质承接业务并且隐匿收入进行虚假纳税申报的情况。

对此，A公司负责人称：公司在2011年至2012年委托B公司代理负责会计核算及账务处理、税务申报等业务，由于B公司故意未按约定进行纳税申报，造成了目前虚假纳税的后果。

最终，税务机关责令A公司补缴所欠税款，并处未缴税款一倍的罚金。

对于税务机关的处罚，A公司向法院提请了行政诉讼，后经一审二审法院认定，税务机关在作出行政处罚前没有调查纳税人未缴、少缴税款的原因和责任主体，作出处罚的证据不足，判决撤销对A公司的《税务行政处罚决定书》。

从以上案例中我们可以看出，A公司对于少缴税款的事实是承认的，但对于“偷税”罪以及少缴税款的责任认定，与税务机关存在差异。

首先，对于A公司是否存在偷税的行为，《中华人民共和国税收征收管理法》有着明确的规定：

纳税人是否偷税，主要看纳税人是否存在以下3种行为：

1.伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证的。

2.在账簿上多列支出或不列、少列收入的。

3.经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报的。

除此之外，认定“偷税”还需要有证明A公司存在主观故意的证据，对此，税务机关的证据也是明显不足的。

其次，对于A公司少缴税款的过错，责任方应该在A公司还是B公司呢？如果税务机关要进行处罚的话，处罚对象应该是谁呢？

二、应该由谁承担后果？

根据《中华人民共和国税收征管法》第九十八条规定，税务代理人违反税收法律法规等造成少缴未缴税款的，由纳税人补缴税款、滞纳金外，可以对税务代理人处50%以上3倍以下罚款。

因此我们可以看到，除A公司需要对此承担责任外，代理记账公司受到相应的惩罚处理也是不可避免的。